У нас тоже обновление на 01.11.2013, и тем не менее происходит все именно так, сначала выскакивает окно, что документ отменен и не имеет заменяющих документов, нажимаем на ОК и попадаем в карточку, где видно, что есть заменяющий документ (МДС). У вас не показывает такое окно?