Должны ли быть графы 24, 25 (первичное применение) у ведомости спецификаций, ведомости покупных изделий? И если должны быть, обязательно ли их заполнять?

shulepovni, да, конечно, если у вас с заказчиком есть договоренность и это указано в ТЗ и он сможет работать с этой электронной документацией. Сами программы в стандартах не могут быть указаны, это уже ваш выбор.

Посмотрите еще вот это видео про данный стандарт: Часть 17. ЕСКД. Электронные документы, там как раз в конце лекции говорится о подобной ситуации.